IMPORTANTE: Para funcionar corretamente o domínio do checkout precisa ser o mesmo do domínio principal da shopify (sem o www)
Ao acessar seu painel, vá em Checkout > Domínios, depois clique em + Novo Domínio.
Coloque seu domínio sem o "https" e "www" e clique em Salvar domínio
Na lista de domínio clique nos 3 pontos e depois em verificar
Faça as configurações de CNAME e TXT conforme a imagem abaixo:
Lembrando que essa imagem é ilustrativa, cada domínio tem os seus dados únicos, copie os dados do seu painel.
Configurado os DNS em seu domínio, aguarde em torno de 30 min a 1 hora, volte no checkout e clique em Verificar.